Ses origines remontent vers 1030, autour d’une petite chapelle bâtie par des moines. A la paroisse qu’ils créent autour de celle-ci, ils donnent le nom de « Fleury ». Sur ces terres sont plantés des produits potagers, d’où probablement le nom de « Fleury aux choux » au XIème siècle. En 1857 est construite la gare au lieu-dit « Les Aubrais ». En 1907, sur demande du conseil municipal et par décret présidentiel, Fleury devient « Fleury-les-Aubrais ».

Si son activité agricole n’est plus qu’un souvenir, aujourd’hui, quelques vergers et entreprises maraîchères subsistent. Son économie repose sur une activité économique en régression au profit d’activité de services : transports, entrepôts, commerces… Cinq zones d’activité accueillent quelques grandes entreprises : Thalès, Orléans Viandes (abattoirs, transformation), Imperial Tobacco …

La ville est régulièrement lauréate aux grands prix de fleurissement, elle a encore reçu la distinction « 4 fleurs » en 2000.

Depuis 1997, Fleury-les-Aubrais est jumelée avec la ville de Gracanica en Bosnie Herzégovine